A estrutura curricular foi organizada também considerando a pluralidade da origem dos discentes, que podem ter tido deficiências em seu processo formativo, dada a realidade regional. Assim, as disciplinas obrigatórias devem fornecer uma formação generalista aos discentes do Programa, independentemente da linha de pesquisa em que se insiram, contribuindo para uma formação técnico-científica básica dos discentes ingressantes. Espera-se ainda que estas disciplinas auxiliem os discentes na proposição, desenvolvimento e melhoria de seus projetos de pesquisa. Atualmente, são disciplinas obrigatórias no PPGBC: Estatística e Delineamento Amostral, Conservação da Biodiversidade, Ecologia de Campo, Metodologia da Pesquisa e Seminários de Pesquisa I e II.

A estrutura curricular ainda envolve a realização de estágio de docência para todos os discentes (bolsistas ou não), a realização de um exame de qualificação de mestrado e a aprovação em um exame de proficiência em língua estrangeira (inglês). Além disso, recentemente, foi aprovada pelo Colegiado do PPGBC uma resolução que normatiza a criação dos Comitês de Acompanhamento. O Comitê é uma instância de apoio aos(às) discentes para a execução dos seus projetos, sendo formado por dois pesquisadores doutores, com notório saber na área de estudo de cada discente. Este Comitê de Acompanhamento tem por objetivos: auxiliar no planejamento do projeto para otimizar o uso do tempo e recursos disponíveis; auxiliar na identificação e solução de problemas relacionados ao projeto de pesquisa de mestrado; propiciar experiências de aprendizado por meio da troca de ideias com pares; auxiliar para que a qualificação ocorra em período adequado e resulte em aprovação; auxiliar para que a dissertação resulte em publicações de qualidade; e estimular a colaboração entre docentes e discentes.

Assim, espera-se que por meio do acompanhamento de dissertações desenvolvido pelos Comitês: melhorar a formação dos(as) discentes, incentivando o raciocínio crítico, o debate entre eles(as) e os(as) professores(as), a análise e aperfeiçoamento do delineamento do projeto, coleta e análise de dados e discussão dos resultados; aumentar a qualidade das dissertações e a chance de que resultem em bons artigos publicados; o incremento da colaboração entre docentes do PPGBC; a consolidação e o estabelecimento de parcerias entre docentes e discentes do PPGBC e pesquisadores externos ao PPGBC e à UFPI; e que o incremento na qualidade das dissertações e a colaboração entre alunos e orientadores contribua para que o tempo de titulação no mestrado ocorra dentro de 24 meses.