La estructura curricular ha sido organizada teniendo en cuenta la diversidad en la formación de los estudiantes, quienes pueden haber enfrentado deficiencias en su proceso educativo debido al contexto regional. Así, las disciplinas obligatorias están diseñadas para proporcionar una formación generalista a los estudiantes del Programa, independientemente de la línea de investigación que sigan, contribuyendo a la formación técnico-científica básica de los alumnos entrantes. También se espera que estas disciplinas ayuden a los estudiantes en la propuesta, desarrollo y mejora de sus proyectos de investigación. Actualmente, las disciplinas obligatorias en el PPGBC son: Estadística y Diseño de Muestreo, Conservación de la Biodiversidad, Ecología de Campo, Metodología de la Investigación y Seminarios de Investigación I y II.

La estructura curricular también implica la realización de una pasantía docente para todos los estudiantes (becarios o no), un examen de calificación de maestría y la aprobación en un examen de competencia en lengua extranjera (inglés). Además, recientemente el Colegio del PPGBC aprobó una resolución que estandariza la creación de los Comités de Seguimiento. El Comité es una estructura de apoyo para los estudiantes en la ejecución de sus proyectos y está compuesto por dos investigadores con doctorado y reconocida experiencia en el área de estudio de cada estudiante. Los objetivos del Comité de Seguimiento son los siguientes: asistir en la planificación del proyecto para optimizar el uso del tiempo y los recursos disponibles; ayudar en la identificación y resolución de problemas relacionados con la investigación de maestría; proporcionar experiencias de aprendizaje a través del intercambio de ideas con pares; garantizar que la calificación ocurra dentro de un período adecuado y resulte en la aprobación; ayudar a garantizar que la disertación conduzca a publicaciones de calidad; y fomentar la colaboración entre docentes y estudiantes.

Así, mediante el monitoreo de la disertación proporcionado por los Comités, se esperan los siguientes resultados: mejorar la formación de los estudiantes mediante el estímulo al pensamiento crítico, el debate entre estudiantes y docentes, el análisis y perfeccionamiento del diseño del proyecto, la recolección y análisis de datos y la discusión de resultados; aumentar la calidad de las disertaciones y la probabilidad de que resulten en artículos bien publicados; fortalecer la colaboración entre los docentes del PPGBC; consolidar y establecer asociaciones entre docentes del PPGBC, estudiantes e investigadores externos; y garantizar que el aumento en la calidad de las disertaciones y la colaboración entre estudiantes y asesores contribuya a la finalización de la maestría en un período de 24 meses.